پس از کشف وجود شیاطین در توکیو، گروه اصلی سایبورگ به رهبری دکتر گیل‌مور خود را در درگیری با شیطان‌مرد، یک شیطان قدرتمند که تصور می‌شود با سازمان تروریستی سودجوی جنگ، بلک گوست متحد است، می‌یابند. در همین حال، یک تهدید بزرگ‌تر زمانی ظهور می‌کند که دکتر آدامز، یک دانشمند بلک گوست خط جدید مدل‌های سایبورگ نوجوان خود را علیه 009 و دوستانش آزاد می‌کند.

در حالی که عنوان داستان ساده، زندگی روزمره مدرسه را نشان می‌دهد، محتوا بیشتر برعکس است. صحنه یک مدرسه عجیب است که ممکن است شاهد مدیر باشید که با یک گوزن کشتی می‌گیرد یا یک بازوی ربات یک رول کیک را پنهان می‌کند. با این حال، هنوز داستان‌های عادی وجود دارد، مانند ساختن یک قلعه کارت یا انجام یک آزمایشی که برای آن مطالعه نکرده‌اید.

نچیجو عمدتاً بر روی بازیگوشی‌های روزانه‌ی یک گروه سه‌نفره از دوستان دوران کودکی - دختران دبیرستانی میو ناگانوهارا، یوکو آئیویی و مای میناکامی - متمرکز است که داستان‌های آن‌ها به زودی با نابغه جوان هاکاسه شینونومه، مراقب ربات او نانو، و گربه حرف‌زن آن‌ها ساکاموتو در هم تنیده می‌شود. با گذشت هر روز، زندگی این شش نفر، و همچنین بسیاری از افراد اطراف آن‌ها، هم آرامش زندگی عادی و هم دیوانگی پوچ را تجربه می‌کنند. رفتن به مدرسه، گاز گرفتن توسط یک کلاغ حرف‌زن، گذراندن وقت با دوستان و تماشای مدیر که یک گوزن را با قدرت پرتاب می‌کند: همه اینها در یک روز کاری در زندگی‌های خارق‌العاده روزمره کسانی که در نچیجو هستند اتفاق می‌افتد.

با افشای وجود واقعی شیاطین در میان ما، ترس در سراسر توکیو گسترش می‌یابد. پارانویا و جنبه تاریک بشریت در خیابان‌ها جوش می‌زند زیرا مردم به یکدیگر حمله می‌کنند، مشکوک هستند که هر کسی می‌تواند در واقع یک شیطان باشد که در لباس انسان پنهان شده است. در میان تنش‌های رو به رشد، تراژدی بر آکیرا وارد می‌شود و باعث می‌شود ذهن او به زیر هوشیاری خود عقب‌نشینی کند، اجازه می‌دهد تا خود شیطانی آمون از قفس گوشت آکیرا آزاد شود و بر انسان‌ها و شیاطین یکسان ویرانی بیاورد.

بن‌بست ۱۵۰ ساله بین دو ابرقدرت بین‌ستاره‌ای، امپراتوری کهکشانی و اتحادیه سیارات آزاد، با ظهور نسل جدیدی از رهبران به پایان می‌رسد: ژنرال نظامی ایده‌آلیست راینهارد فون لوهنگرام و مورخ محافظه‌کار اتحادیه سیارات آزاد، یانگ ون‌لی. در حالی که راینهارد با کمک دوست دوران کودکی خود، زیگفرید کیرچیس، در سلسله مراتب امپراتوری بالا می‌رود، او باید نه تنها در جنگ، بلکه در برابر بقایای سلسله در حال فروپاشی گلدنباوم نیز بجنگد تا خواهر خود را از دست کایزر آزاد کند و بشریت را تحت یک حاکم واقعی متحد کند. در همین حال، در سوی دیگر کهکشان، یانگ - یک حامی قوی ایده‌های دموکراتیک - باید با وجود مبارزات اتحادیه سیارات آزاد، بر عقاید خود استوار بماند و به شاگرد خود، جولیان مینتز، نشان دهد که خودکشی راه حل نیست. با درگیری ایدئولوژی‌ها در میان تلفات بسیار جنگ، دو ذهن استراتژیک باید از خود بپرسند که دلیل واقعی جنگ آن‌ها چیست.

با نزدیک شدن جنگ پنجم مقدس به پایان، سابر وظیفه نهایی خود را از جنگ قبلی تکرار می‌کند تا چرخه شرور را یک بار برای همیشه پایان دهد. با ضربه قاطعی که ذخایر مانای باقی مانده او را تخلیه می‌کند، بدن سابر شروع به از بین رفتن می‌کند. او خداحافظی اشک‌بار می‌کند، اما رین توساکا در آخرین لحظه به او دست می‌زند. آینده تغییر کرده است و آغاز جدیدی در انتظار است.

در میانه جنگ پنجم مقدس، کستر نقشه‌های خود را به حرکت در می‌آورد، با شروع به دستگیری خدمتکار شیرو، سابر. با قدرتمندتر شدن این جادوگر، رین و آرچر تصمیم می‌گیرند که او تهدیدی است که باید فوراً با آن مقابله شود. اما با تغییر تعادل قدرت در جنگ، استاد و خدمتکار خود را در حال جدا شدن می‌بینند. در همین حال، با وجود از دست دادن خدمتکار خود و زمین خوردن از جراحات، شیرو هشدار رین را برای ترک نبرد سلطنتی نادیده می‌گیرد و راه خود را به جنگ علیه کستر باز می‌کند. شیرو مصمم است که اراده خود را در اراده خود برای جنگ نشان دهد، پتانسیل او برای تبدیل شدن به یک حامی مردم به آزمون گذاشته می‌شود. در میان خونریزی و هرج و مرج، انگیزه‌های هر استاد و خدمتکار به تدریج آشکار می‌شود زیرا آنها همه چیز را فدا می‌کنند تا به عنوان برنده ظاهر شوند و جام مقدس را ادعا کنند.

پس از آنکه یانگ ون لی قلعه ایزرلون را با موفقیت تصرف کرد، اتحادیه سیارات آزاد در جاه طلبی های نظامی خود جسورتر شد. با تهاجمات اخیر به قلمرو امپراتوری کهکشانی و تصرف یک سرپناه کامل، اتحادیه اکنون قادر است آسیب قابل توجهی به امپراتوری وارد کند. با این حال، راینهاردت فون لوهنگرام هیچ قصدی ندارد که به اتحادیه سیارات آزاد اجازه دهد پایگاه محکمی به دست آورد. او مصمم است که آرزوی عزیزترین دوست خود زیگفرید کیرچیس را ادامه دهد: کسی باشد که جهان را متحد کند. در حالی که درگیری های نظامی گسترده ادامه دارد، آدریان روبینسکی فرصت طلب، رهبر جاه طلب فزان، تلاش می کند از جنگ برای پیشبرد اهداف شخصی خود استفاده کند.

به درخواست دریاسالار یانگ ون لی، افسر اطلاعاتی فراری، فرمانده باغداش، یک پخش اضطراری انجام می‌دهد و اعلام می‌کند که شورای نظامی نجات ملی با هدایت امپراتوری کهکشانی کودتا کرده است. با وجود نبود شواهد فیزیکی، این اعلامیه فلج‌کننده، دریاسالار سابق اندرو لینچ را تشویق می‌کند تا نقش خود در کاشت اختلاف در ائتلاف سیارات آزاد را آشکار کند. درگیری مرگبار بین لینچ و دریاسالار دویت گرینهیل، آخرین ضربه مرگبار به دوره کوتاه حکومت نظامی است. در امپراتوری کهکشانی، فیلمبرداری از بمب‌گذاری هسته‌ای دوک اوتو فن براونشویگ در وستلند منجر به انحلال لیگ لیپشتاد می‌شود. تصمیم مارکیز رینهارد فن لوئنگرام برای اجازه دادن به قتل عام برای منافع شخصی، شکافی بین او و دریاسالار ارشد زیگفرید کیرچیس ایجاد می‌کند و طعم پیروزی اجتناب‌ناپذیر آن‌ها را تلخ می‌کند. اکنون در آستانه دستیابی به قدرت مطلق، رینهارد با شکست‌های شخصی آشکار خود و مسئولیت‌های سنگین رهبری درگیر است. اگرچه جنگ‌های داخلی در هر دو ائتلاف و امپراتوری در حال پایان هستند، هیچ یک از طرفین نمی‌توانند آنچه را که از دست رفته است بازگردانند. یانگ ون لی و رینهارد فن لوئنگرام هر دو با تسلی دلچسبی می‌دانند که درست در آن سوی کهکشان، یک حریف شایسته و یک برابر واقعی وجود دارد.

طرح مارکیز رینهارد فن لوئنگرام برای بی ثبات کردن ائتلاف سیارات آزاد با تحریک کودتای آرتور لینچ، دریاسالار سابق خیانتکار در هینسن، موفق شد. با استفاده از طرحی که خود رینهارد تدوین کرده بود، لینچ دوست قدیمی خود، دریاسالار دویت گرینهیل را تشویق کرد تا بر سرنگونی دولت غیرنظامی توسط شورای نظامی نجات ملی نظارت کند. دریاسالار یانگ ون لی، در تلاش برای دفاع از دموکراسی و بازگرداندن قانون اساسی ائتلاف، با شهروندان هم‌وطن خود و متأسفانه با پدر دستیار وفادار خود، ستوان فردریکا گرینهیل، روبرو می‌شود. اکنون با مشغولیت کامل ائتلاف سیارات آزاد با مسائل داخلی خود، نیروهای امپراتوری کهکشانی می‌توانند به راحتی لیگ لیپشتاد به رهبری دوک اوتو فن براونشویگ را سرکوب کنند. با این حال، با دور بودن دوست و زیردستان وفادار خود، دریاسالار ارشد زیگفرید کیرچیس در مناطق مرزی تحت کنترل نجیب‌زادگان، رینهارد به طور فزاینده‌ای به مشاوره دریاسالار ارشد پل فن اوبراشتاین متکی می‌شود، که نفوذ او در دریاسالاری محترم لوئنگرام به طور پیوسته در حال افزایش است. اگرچه خونریزی در هر دو طرف کهکشان اجتناب‌ناپذیر است، یانگ ون لی از ائتلاف و رینهارد فن لوئنگرام از امپراتوری هر یک از خود این سوال را می‌پرسند: تاریخ چگونه به اعمال آن‌ها نگاه خواهد کرد؟ آیا هدف نتیجه را توجیه می‌کند؟

تهاجم ائتلاف سیارات آزاد به امپراتوری کهکشانی پس از سوء مدیریت تأمین، با شکست مواجه شد. لازار لوبوس، دریاسالار ناوگان، علی‌رغم اینکه به شدت outnumbered بود، حاضر نبود حمله را متوقف کند و به ناوگان‌های باقیمانده ائتلاف دستور داد تا برای یک مقاومت نهایی در منطقه ستاره‌ای آمریتسار جمع شوند. رینهارد فن لوئنگرام، استراتژیست نظامی باهوش، نیروهای امپراتوری را با برتری چشمگیری به این نبرد سرنوشت‌ساز رهبری کرد. با این حال، رقیب او، دریاسالار تاکتیکی یانگ ون لی از ائتلاف، بار دیگر برای جبران بی‌کفایتی سران خود تلاش کرد و برای خود و سربازانش یک فرار نزدیک ترتیب داد. اگرچه هر دو رینهارد و یانگ از نتیجه ناراضی بودند—رینهارد به دلیل پیروزی ناقص خود و یانگ به دلیل تلفات عظیم—توجه آن‌ها باید به آشوب سیاسی در حال جوشش در هر دو طرف کهکشان معطوف شود.

مدت‌هاست که دو دولت بین‌ستاره‌ای برای کنترل کهکشان راه شیری در حال رقابت هستند. امپراتوری کهکشانی، یک پادشاهی مطلقه تحت حکومت کایزر فردریش چهارم و اشرافیت مستحکم، درصدد سرکوب شورشیان جسور است که جرأت دارند با تاج غیرقابل نقض مخالفت کنند. ائتلاف سیارات آزاد، یک دموکراسی نمایندگی شده به رهبری یک شورای عالی فاسد، رو به زوال است زیرا رهبران منتخب آن از جنگ و درگیری به عنوان راهی برای جلب حمایت مردمی استفاده می‌کنند.

کازوما نیشی یک دانش‌آموز دبیرستانی است که به عکاسی علاقه‌مند است. او به طور تصادفی به یک گروه عکاسی دخترانه به نام "Photo Kano" می‌پیوندد. در این گروه، او با دخترانی با شخصیت‌ها و استعدادهای مختلف آشنا می‌شود و روابطش با آن‌ها پیچیده‌تر می‌شود. کازوما در طول داستان، با چالش‌های مختلفی روبرو می‌شود و سعی می‌کند بین علاقه‌اش به عکاسی و روابطش با دختران تعادل برقرار کند.

داستان از جایی شروع می‌شود که چشم چپ پادشاه ناپاک ربوده می‌شود و آکادمی صلیب مقدس در حالت آماده‌باش قرار می‌گیرد. رین و دوستانش باید با این تهدید جدید مقابله کنند و از جهان در برابر نیروهای شیطانی محافظت کنند. در این میان، رین با گذشته خود و هویت شیطانی‌اش نیز دست و پنجه نرم می‌کند.

در دوران نوجوانی، چیزهای کمی می‌توانند به اندازه دلشکستگی‌های ناشی از عشق بی‌جواب، به افراد آسیب بزنند. این مورد نیز در مورد ناتسو فوجی صادق است که خود را شیفته‌ی هینا یافته است.