به درخواست دریاسالار یانگ ون لی، افسر اطلاعاتی فراری، فرمانده باغداش، یک پخش اضطراری انجام می‌دهد و اعلام می‌کند که شورای نظامی نجات ملی با هدایت امپراتوری کهکشانی کودتا کرده است. با وجود نبود شواهد فیزیکی، این اعلامیه فلج‌کننده، دریاسالار سابق اندرو لینچ را تشویق می‌کند تا نقش خود در کاشت اختلاف در ائتلاف سیارات آزاد را آشکار کند. درگیری مرگبار بین لینچ و دریاسالار دویت گرینهیل، آخرین ضربه مرگبار به دوره کوتاه حکومت نظامی است. در امپراتوری کهکشانی، فیلمبرداری از بمب‌گذاری هسته‌ای دوک اوتو فن براونشویگ در وستلند منجر به انحلال لیگ لیپشتاد می‌شود. تصمیم مارکیز رینهارد فن لوئنگرام برای اجازه دادن به قتل عام برای منافع شخصی، شکافی بین او و دریاسالار ارشد زیگفرید کیرچیس ایجاد می‌کند و طعم پیروزی اجتناب‌ناپذیر آن‌ها را تلخ می‌کند. اکنون در آستانه دستیابی به قدرت مطلق، رینهارد با شکست‌های شخصی آشکار خود و مسئولیت‌های سنگین رهبری درگیر است. اگرچه جنگ‌های داخلی در هر دو ائتلاف و امپراتوری در حال پایان هستند، هیچ یک از طرفین نمی‌توانند آنچه را که از دست رفته است بازگردانند. یانگ ون لی و رینهارد فن لوئنگرام هر دو با تسلی دلچسبی می‌دانند که درست در آن سوی کهکشان، یک حریف شایسته و یک برابر واقعی وجود دارد.

طرح مارکیز رینهارد فن لوئنگرام برای بی ثبات کردن ائتلاف سیارات آزاد با تحریک کودتای آرتور لینچ، دریاسالار سابق خیانتکار در هینسن، موفق شد. با استفاده از طرحی که خود رینهارد تدوین کرده بود، لینچ دوست قدیمی خود، دریاسالار دویت گرینهیل را تشویق کرد تا بر سرنگونی دولت غیرنظامی توسط شورای نظامی نجات ملی نظارت کند. دریاسالار یانگ ون لی، در تلاش برای دفاع از دموکراسی و بازگرداندن قانون اساسی ائتلاف، با شهروندان هم‌وطن خود و متأسفانه با پدر دستیار وفادار خود، ستوان فردریکا گرینهیل، روبرو می‌شود. اکنون با مشغولیت کامل ائتلاف سیارات آزاد با مسائل داخلی خود، نیروهای امپراتوری کهکشانی می‌توانند به راحتی لیگ لیپشتاد به رهبری دوک اوتو فن براونشویگ را سرکوب کنند. با این حال، با دور بودن دوست و زیردستان وفادار خود، دریاسالار ارشد زیگفرید کیرچیس در مناطق مرزی تحت کنترل نجیب‌زادگان، رینهارد به طور فزاینده‌ای به مشاوره دریاسالار ارشد پل فن اوبراشتاین متکی می‌شود، که نفوذ او در دریاسالاری محترم لوئنگرام به طور پیوسته در حال افزایش است. اگرچه خونریزی در هر دو طرف کهکشان اجتناب‌ناپذیر است، یانگ ون لی از ائتلاف و رینهارد فن لوئنگرام از امپراتوری هر یک از خود این سوال را می‌پرسند: تاریخ چگونه به اعمال آن‌ها نگاه خواهد کرد؟ آیا هدف نتیجه را توجیه می‌کند؟

تهاجم ائتلاف سیارات آزاد به امپراتوری کهکشانی پس از سوء مدیریت تأمین، با شکست مواجه شد. لازار لوبوس، دریاسالار ناوگان، علی‌رغم اینکه به شدت outnumbered بود، حاضر نبود حمله را متوقف کند و به ناوگان‌های باقیمانده ائتلاف دستور داد تا برای یک مقاومت نهایی در منطقه ستاره‌ای آمریتسار جمع شوند. رینهارد فن لوئنگرام، استراتژیست نظامی باهوش، نیروهای امپراتوری را با برتری چشمگیری به این نبرد سرنوشت‌ساز رهبری کرد. با این حال، رقیب او، دریاسالار تاکتیکی یانگ ون لی از ائتلاف، بار دیگر برای جبران بی‌کفایتی سران خود تلاش کرد و برای خود و سربازانش یک فرار نزدیک ترتیب داد. اگرچه هر دو رینهارد و یانگ از نتیجه ناراضی بودند—رینهارد به دلیل پیروزی ناقص خود و یانگ به دلیل تلفات عظیم—توجه آن‌ها باید به آشوب سیاسی در حال جوشش در هر دو طرف کهکشان معطوف شود.

مدت‌هاست که دو دولت بین‌ستاره‌ای برای کنترل کهکشان راه شیری در حال رقابت هستند. امپراتوری کهکشانی، یک پادشاهی مطلقه تحت حکومت کایزر فردریش چهارم و اشرافیت مستحکم، درصدد سرکوب شورشیان جسور است که جرأت دارند با تاج غیرقابل نقض مخالفت کنند. ائتلاف سیارات آزاد، یک دموکراسی نمایندگی شده به رهبری یک شورای عالی فاسد، رو به زوال است زیرا رهبران منتخب آن از جنگ و درگیری به عنوان راهی برای جلب حمایت مردمی استفاده می‌کنند.

کازوما نیشی یک دانش‌آموز دبیرستانی است که به عکاسی علاقه‌مند است. او به طور تصادفی به یک گروه عکاسی دخترانه به نام "Photo Kano" می‌پیوندد. در این گروه، او با دخترانی با شخصیت‌ها و استعدادهای مختلف آشنا می‌شود و روابطش با آن‌ها پیچیده‌تر می‌شود. کازوما در طول داستان، با چالش‌های مختلفی روبرو می‌شود و سعی می‌کند بین علاقه‌اش به عکاسی و روابطش با دختران تعادل برقرار کند.

داستان از جایی شروع می‌شود که چشم چپ پادشاه ناپاک ربوده می‌شود و آکادمی صلیب مقدس در حالت آماده‌باش قرار می‌گیرد. رین و دوستانش باید با این تهدید جدید مقابله کنند و از جهان در برابر نیروهای شیطانی محافظت کنند. در این میان، رین با گذشته خود و هویت شیطانی‌اش نیز دست و پنجه نرم می‌کند.

در دوران نوجوانی، چیزهای کمی می‌توانند به اندازه دلشکستگی‌های ناشی از عشق بی‌جواب، به افراد آسیب بزنند. این مورد نیز در مورد ناتسو فوجی صادق است که خود را شیفته‌ی هینا یافته است.

در این آرک، شخصیت‌های اصلی با تهدیدی جدید و قدرتمندتر از قبل روبرو می‌شوند. شیاطینی با قدرت‌های ماورایی به دنبال ایجاد آشوب و نابودی هستند. رین و دوستانش باید با استفاده از توانایی‌های خود و همکاری با یکدیگر، این تهدید را خنثی کنند.

کورو با احساس نارضایتی از رین، به دنبال یک استاد جدید می‌رود، اما آیا او می‌تواند کسی را پیدا کند که بتواند واقعاً جایگزین رین شود؟

در این فصل، اوکومورا رین و دوستانش با تهدید جدیدی روبرو می‌شوند. آن‌ها به منطقه شیمانه سفر می‌کنند تا با یک سازمان مخفی و قدرتمند به نام ایلومیناتی مقابله کنند. این سازمان نقشه‌های شومی برای دنیای انسان‌ها و شیاطین دارد و رین و دوستانش باید همه تلاش خود را بکنند تا جلوی آن‌ها را بگیرند.

داستان این انیمه در دنیایی موازی با سریال اصلی اتفاق می‌افتد و ماجراهای ریک سانچز، یک دانشمند دیوانه و نوه‌اش مورتی اسمیت را دنبال می‌کند. ریک با استفاده از اختراعات دیوانه‌وار خود، مورتی را به ماجراهای بی‌نظیری در سراسر کیهان می‌برد. این دو شخصیت در طول ماجراهایشان با موجودات عجیب و غریب، تمدن‌های پیشرفته و خطرات مرگباری روبرو می‌شوند. [خلاصه اختصاصی از بیست انیمه]

با توانایی خواندن ذهن، آنیا فورجر تنها کسی است که از هویت واقعی خانواده غیرمعمول خود آگاه است. پدر ساختگی‌اش، لوید، به عنوان یک جاسوس نخبه با کد نام توییلا فعالیت می‌کند؛ مادرش، یور، به عنوان قاتل حرفه‌ای با نام مستعار پرنسس خار عمل می‌کند؛ و سگشان، باند، دارای توانایی پیش‌بینی آینده است. اگرچه آن‌ها حقیقت را از یکدیگر پنهان می‌کنند، اما این تظاهر به یک خانواده کاملاً معمولی، عشق و گرمای واقعی را برای آنیا فراهم می‌کند که او به عنوان یک یتیم آرزویش را داشت.

مأموریت صد ساله: ماموریتی چالش‌برانگیز و خطرناک که بیش از یک قرن است بدون نتیجه مانده است. در حالی که تعداد بی‌شماری از جادوگران تلاش کرده‌اند تا این هدف طاقت‌فرسا را بر عهده بگیرند، نتایج آن‌ها به شکست سنگین یا چیزی بدتر ختم شده است. با این وجود، ناتسو دراگنیل و دوستانش - لوسی هارتفیلیا، گری فول‌باستر، ارزا اسکارلت و وندی مارول، همراه با اکسیدهای هاپی و چارلز - با جسارت این ماموریت را آغاز می‌کنند.

در حین ماموریتی برای پیدا کردن و شکست دادن یک جادوگر مشکل‌ساز، چندین عضو گیلد فیری تیل در یک شهر ناآشنا از هم جدا می‌شوند. همزمان، هارو، الی و بقیه گروهشان نیز از هم جدا می‌شوند. به طور اتفاقی، الی با لوسی و هاپی که به دنبال ناتسو هستند برخورد می‌کند. در همین حال، هارو به طور تصادفی با ناتسو برخورد می‌کند که دچار بیماری حرکت شده است. اگرچه هارو به نظر دوستانه می‌آید، اما با توصیفات فرد مشکل‌سازی که اعضای فیری تیل مامور پیدا کردنش بودند، مطابقت دارد. بدتر از آن، ناتسو از رابطه هارو با او مطلع می‌شود و آنها را به همدستی مشکوک می‌کند.

هنگامی که اعضای فیری تیل مشغول نابودی شهرها یا شکست دادن دشمنان قدرتمند نیستند، در حال تحصیل در مدرسه، سفر به گذشته، بازدید از پارک‌های آبی و انجام کارهای عجیب و غریب برای مشتریان عجیب و غریب هستند. مهم نیست به کجا می‌روند، همیشه یک ماجراجویی سرگرم‌کننده در انتظارشان است، گاهی اوقات به غیرمنتظره‌ترین شکل!

در پی نتیجه نامشخص بازی‌های بزرگ جادویی، استاد گیلد Fairy Tail، ماکاروف دریر، راه دیگری برای تعیین برنده پیدا می‌کند: تیم A و تیم B باید بازی سنگ کاغذ قیچی انجام دهند. برنده می‌تواند هر کاری که می‌خواهد از بازنده بخواهد. تحت این شرایط، لاکسوس دریر، ناتسو دراگنیر و تیمش را برای انجام ماموریتی غیرممکن برای بازیابی یک سنگ گمشده می‌فرستد.

بخش دوم انیمه NieR:Automata Ver1.1a.