داستان این انیمه در یک دبیرستان معمولی آغاز می‌شود. کنجی سکی، شخصیت اصلی داستان، یک دانش‌آموز ساده و آرام است که به همکلاسی خود، کاهوری هاروکوا، علاقه‌مند است. اما با ورود یک دانش‌آموز جدید و مرموز به نام ریوئیچی کیوگوکو، زندگی آرام کنجی به هم می‌ریزد. ریوئیچی که ادعا می‌کند دارای قدرت‌های ماورایی است، به سرعت محبوبیت زیادی پیدا می‌کند و توجه کاهوری را به خود جلب می‌کند. در همین حال، رویدادهای عجیبی در مدرسه شروع به رخ دادن می‌کنند و دانش‌آموزان متوجه می‌شوند که دنیای اطرافشان به طور کامل تغییر کرده است. آن‌ها باید برای بقا بجنگند و در عین حال با احساسات پیچیده خود و روابط بین‌شان کنار بیایند.

داستان فیلم سینمایی جن‌گیر آبی، در حالی که به خط اصلی داستان مانگا و انیمه پایبند است، روایتی مستقل و جدید را ارائه می‌دهد. در این فیلم، شخصیت‌های محبوب ما با چالش‌ها و تهدیدات جدیدی روبرو می‌شوند و ماجراجویی‌های هیجان‌انگیزی را تجربه می‌کنند.

سرانجام، روز فارغ التحصیلی مای از دبیرستان فرا رسید. در حالی که ساکوتا مشتاقانه منتظر دوست دخترش است، یک دانش آموز دبستانی که کاملاً شبیه او به نظر می رسد، جلوی او ظاهر می شود. ساکوتا به دلایل اشتباهی مشکوک می شود... در همین حال، پدر ساکوتا و کائده ناگهان تماس می گیرد و می گوید مادرشان می خواهد دخترش را ببیند. او به دلیل وضعیت کائده که برای تحمل کردن بیش از حد توانش بوده، بستری شده بود، پس حالا چه چیزی می تواند بخواهد؟

کائده آزوساگاوا، خواهر کوچک ساکوتا، در حال فارغ التحصیلی از دوره راهنمایی است و باید یک تصمیم مهم بگیرد. مشاور مدرسه با توجه به سابقه‌ی گوشه‌نشینی کائده و ترس فلج‌کننده‌اش از کلاس‌های درس سنتی، معتقد است که شرکت در یک دبیرستان آنلاین به نفع اوست. با این حال، کائده آرزوی تحصیل در دبیرستان مینه‌گاهارا، همانند برادرش را دارد، زیرا او به شدت به تجربه کردن یک زندگی دبیرستانی معمولی امیدوار است. او از ساکوتا، دوست دخترش مای ساکوراجیما و خواهر ناتنی مای، نودوکا تویوهاما، التماس می‌کند به او برای مطالعه‌ی آزمون ورودی کمک کنند و آن‌ها با اشتیاق موافقت می‌کنند.